MYCO
VisionArray ® MYCO - rychlá a spolehlivá genotypizace
Jedná se o jednoduchou čipovou metodu sledující 17 genotypů mykobaktérií. Ve výsledku je typů mnohem více, jelikož např. v genové oblasti IS6110 Mycobacterium complex (což je jeden bod na čipu) je více typů – M.africanum, bovis, caprae, microti a stejně je to i u netuberkulózních mycobacterií.
Princip metody:
- Extrakce DNA (metodou, kterou běžně užíváte) – z FFPE bločků, může být i ze sputa či punktátů
- Amplifikace DNA metodou PCR (na Vašem thermocykleru za použítí VisionArray PreCise Master mix, který obsahuje vše potřebné – primery, polymerázu, vodu, MgCl2 atd – stačí pouze přidat DNA)
- Hybridizace a vizualizace amplifikovaného produktu na chipu– za použití VisionArray Detection kit
- Analýza a report – vše je automaticky vyhodnoceno programem VisionArray software
PCR - Hybridizace (30 min) - Promytí (2 min) - Detekce (17 min) - Promytí (2 min) - Analýza (od zapnutí PC po report do 10 min)
Metoda je CE/IVD.
VisionArray MYCO Chip 1.0 je určen k použití s analytickým balíčkem VisionArray pro kvalitativní detekci a identifikaci PCR amplikonů rodů Mycobacterium, Mycobacteriodes, Mycolicibacillus, Mycolicibacter a Mycolicibacteriumas, jakož i několika dalších klinicky relevantních mykobakteriálních druhů, tyto amplikony byly vyrobeny s pomocí VisionArray MYCO Primer Kit 1.0 nebo VisionArray MYCO PreCise Master Mix.
VisionArray MYCO PreCise Master Mix je ready-to-use PCR Master Mix pro amplifikaci ITS, a to i v případě komplexu M. tuberculosis oblast IS6110 mykobakteriálních genomů, ale bez omezení na ty detekované čipem VisionArray MYCO. VisionArray MYCO PreCise Master Mix obsahuje VisionArray MYCO Primer Mix 1.0, roztok dNTP / dUTP, VisionArray PreCise Taq DNA polymerázu, PCR-pufr, MgCl2 a VisionArray Uracil-DNA glykolylázu. Během PCR budou biotinylované specifické části oblasti ITS a IS6110 mykobakteriálních genomů. Hybridizace a detekce amplifikovaných sekvencí se následně provádí pomocí detekční soupravy VisionArray a čipu VisionArray MYCO.
Sada VisionArray MYCO Primer Kit 1.0 je určena k použití pro amplifikaci ITS a v případě komplexu M. tuberculosis oblast IS6110 mykobakteriálních genomů, bez omezení na ty detekované čipem VisionArray MYCO. Během PCR budou biotinylované specifické části oblasti ITS a IS6110 mykobakteriálních genomů. Hybridizace a detekce amplifikovaných sekvencí jsou následně prováděny pomocí VisionArray Detection Kit a VisionArray MYCO Chip. VisionArray MYCO Primer Kit 1.0 obsahuje VisionArray MYCO Primer Mix 1.0 s vysokou citlivostí na všechny druhy mykobakterií.
VisionArray PreCise Taq DNA polymeráza je vysoce kvalitní tepelně stabilní Taq polymeráza určená k použití pro specifickou amplifikaci širokého spektra fragmentů DNA. Enzym má schopnost hot-startu, snižuje falešně pozitivní výsledky, zesiluje cílové sekvence nízké úrovně a podporuje amplifikaci různých templátů. Kromě toho je pro úspěšné genotypizace Mycobacterium nezbytné použití sady VisionArray MYCO Primer Kit 1.0 v kombinaci s glykosylázou VisionArray Uracil-DNA. Hybridizace a detekce amplifikovaných sekvencí se provádí následně pomocí detekční soupravy VisionArray a VisionArray MYCO Chip 1.0.
Glykosyáza VisionArray Uracil-DNA je glykosyláza pocházející z E. coli určená k prevenci přenosu kontaminace z předchozích reakcí. To je založeno na principu nahrazování dUTP dTTP během PCR. Proto může být PCR amplikon „odlišen“ od původního řetězce DNA. Inkubace směsi PCR s enzymem UDG při zvýšených teplotách za alkalických podmínek (během počátečního denaturačního kroku) odstraní kontaminující U-DNA ze vzorku, čímž se zabrání falešně pozitivním výsledkům.
VisionArray Detection Kit je navržen pro kvalitativní detekci specifických sekvencí DNA produkovaných pomocí VisionArray MYCO Primer Kit 1.0, VisionArray PreCise Taq DNA polymerázy, VisionArray Uracil-DNA glykolylázy a odpovídajícího čipu VisionArray MYCO. Sada VisionArray Detection Kit obsahuje všechna činidla, která jsou požadována pro jednoduchou a rychlou hybridizaci a detekci produktů PCR na čipu VisionArray MYCO.
